درباره تاریخ ولادت و خاطرات کودکی، ایشان خود می فرمودند : « آن طوری که به ما گفته اند تاریخ ولادت ما، 1327 هجری قمری بوده است، ولی ما از سنین یک سالگی را در خاطر داریم. من تقریباً یک ساله بودم و در گهواره، در آن ایام به خیارک مبتلا شدم ( خیارک دمل بزرگی است که باید جراحی شود ). جراح آمد تا جراحی کند، اطرافیان ما که متوحش بودند از دور گهواره ما رفتند؛ چون طاقت نداشتند ببینند.
ما این مطلب را می فهمیدیم. جراح نیشتر را زد و ما راحت شدیم. ما شش ماهگی را یادمان هست و از سنین یکی، دو سالگی مطلب را می فهمیدیم و اینجور کارها را از وجعش (دردش) خائف و ناراحت بودیم، اما کاری نمی توانستیم بکنیم. مرحوم حاج آقا حسین (اخوی) سه سال از ما کوچکتر است و کاملاً تولدش را  من یادم هست. کجا نشسته بودم، کجا مرا خواباندند، کجا متولد شد. ایشان گریه می کرد آنها چه می کردند، همه را مثل این که با بچگی ضبط کردم. یعنی مشاهده می کردم و می فهمیدم. »

او از ابتدای  تأسیس حوزه علمیه قم به آسید صفی ( و فرزند بافضیلتش به آسید رضای آسید صفی ) شهرت داشت.  آسید صفی مرد بزرگوار و باتقوایی بود که افتخار خدمت آستانه مقدسه فاطمه معصومه سلام الله علیها را چون پدرانش دارا بود. آسید رضا می فرمود: « پدرم درسهای حوزوی را تا رسائل و مکاسب خوانده بود، درس حاج شیخ می رفت و به او شهریه هم می دادند و در ادبیات ید طولایی داشت. آشنایی او با قرآن و حفظ آن تا جایی بود که کشف الآیات علما و روحانیون بود؛ هر آیه ای را می پرسیدند، در ذهن خود حاضر داشت.
روزی بیست جزء قرآن می خواند و در آیات قرآن تدبر می کرد. از خصوصیات پدر ما این بود که شیطنت نداشت بلکه شیطنت هم یاد نمی گرفت. مرد خیلی آزادی بود. »

در کتاب آیت بصیرت آمده است : از دیگر صفات برجسته سید صفی الدین، اندیشمندی در زندگانی و استفاده شایان از اوقات عمر بود.  ایشان در مورد والد محترمشان می فرمودند: « همنشینی بسیار با علمای ربانی داشت و از مجالست و گفتگو با آنان لذت فراوان روحی و معنوی می برد. به طوری که از فیض درس و بحث آنها استفاده کرده، اندیشه های زلال معنوی به دست آورده بود. ادبیات عرب را خوب می دانست و مقداری از رسائل و مکاسب را خوانده بود. همچنین، در درس حاج شیخ عبدالکریم حائری حاضر می شد. بسیار مشاهده می شد که دعاهایش به اجابت می رسند و بدون هیچ تأخیری انجام می شوند. »

فاطمه سلطان، مادر ایشان از بیت مرحوم صدرالمتألهین (ملاصدرای شیرازی- ره ) است. آقا می فرمود: « آن طوری که به ما گفته اند اینچنین است. » آن مکرمه، بانویی بزرگوار و باتقوی و دارای حالات بلند عرفانی بود. قبل از ولادت فرزندش، سید رضا، خداوند فرزندی به او عنایت می فرماید که در سن دو سالگی از دنیا می رود. مادر دلسوخته تنها به صبر در مصیبت از دست رفته فرزند دلبندش بسنده نمی کند، بلکه سجده شکر بجای آورده و آن رخداد را از الطاف حضرت حق می داند و در حال سجده از خدا درخواست فرزندی می کند که از علمای بزرگ امامیه و اولیاء الله باشد.
با ولادت فرزندش سید رضا و آثار نبوغی که از دوران طفولیت در جبین او مشاهده می کند دعای خود را مستجاب می بیند، لذا در تربیت و پرورش و تعلیم او سرمایه گذاری بیشتر نموده تا ذاتیات بلند و نیکوی او به فعلیت برسد. در کتاب آیت بصیرت آمده است : صفا و صمیمیت، قناعت و ساده زیستی، عشق و علاقه به همسر و فرزندان و کیاست و صداقت، او را برای زنان فامیل و افراد محله الگو کرده بود. نورانیت روح و روان و صفای زندگانی، هدیه ای آسمانی بود که از برکت انس با قرآن و حفظ بسیاری از دعاهای معصومان (ع) برای آن بانوی پرهیزکار فراهم شده بود.

آقا نقل می کردند ( به نقل از کتاب آیت بصیرت ) : « پدرم که مردی مؤمن و مهربان بود به فرزندانش بی احترامی نمی کرد. هیچ گاه آنان را تنبیه نکرده، کاری را بر آنان تحمیل نمی نمود. از این رو، اختیار و انتخاب زندگی را به ما می سپرد و از شغل و حرفه ای که علاقه داشتیم پرسش می کرد تا به علاقه و شوق ما درباره آینده آگاه شود. شبی از من سؤال کرد که به چه کاری علاقه داری؟ از آن جا که بهترین حرفه در آن روز، کار ظریف روی چوب بود و علاقه ای درونی به کارهای هنری داشتم به پدرم گفتم: نجاری را دوست دارم.
پدر، نگاهی به من کرد و گفت: درس خواندن هم خوب است، حاضری برای درس خواندن استخاره کنم؟
قبول کردم. وضو گرفت، رو به قبله کرد و با چند صلوات و توجه به پروردگار، قرآن را باز کرد. ناگهان دیدم خنده ای ملیح تمام صورت پدرم را فراگرفت و با خوشحالی زیادی که از ارادت و عشق به اهل بیت علیهم السلام و سربازی آن خاندان سرچشمه می گرفت، فرمود: خوب آمد … برای درس خواندن خوب آمد. خوب آمدن استخاره، آرامشی بر تمام وجودم افکند. از آن لحظه، به این راه مطمئن شدم و به دنبال آن شوق و علاقه ای بسیار وجودم را فراگرفت، به طوری که سر از پا نمی شناختم. در این میان، تشویقهای گذشته عالم بزرگوار، مرحوم حاج شیخ ابوالقاسم قمی ( ره) نیز بسیار کارساز بود. »

در مورد تحصیل در حوزه علمیه قم می فرمودند: « در همان هفت هشت سالگی بودم که حاج شیخ عبدالکریم حائری آمد تا به مشهد برود. در ایوان طلای ( حرم حضرت معصومه سلام الله علیها ) نماز می خواند. رفت و در مراجعت توافق شد در قم بماند. ما در آن سنین در مدرسه رضویه علیه السلام بودیم. برای خواندن مغنی به مدرسه فیضیه آمدیم. آنوقت درس آشیخ محمد علی ادیب می رفتیم و اینها همه قبل از آمدن حاج شیخ بود. »

« در دوازده سالگی در امتحان حاج شیخ شرکت کردیم و قبول شدیم. باب حال سیوطی ( از کتب حوزوی ) که قدری مشکل است و ابوطالب هم در حاشیه آن حرفهایی دارد برای امتحان معین شد. حاج شیخ به ما گفت: مطالعه کن! گفتم: مطالعه نمی خواهد. خیلی خوشش آمد. جالب این بود که شاید جاهای دیگر را ما به این خوبی بلد نبودیم: باب حال را خوب بلد بودیم. وقتی بیان کردم حاج شیخ گفت: من نفهمیدم. کنایه از اینکه دوباره بگو! ما دوباره شروع کردیم به گفتن. امتحان ما سر و صدایی پیدا کرد. حاج شیخ خیال کرد ما آدمی هستیم. نمی دانست ما آنجا را خوب بلدیم، ابوطالب هم چیزهایی دارد که استاد گفته بود و ما حفظ کرده بودیم. »

« حاج شیخ حتی یک مرتبه با ما اوقات تلخی نکرد، با اینکه خیلی اذیتش کردیم. تا یک مسأله ای پیش می آمد وقتی حاج شیخ می آمد می رفتیم پیش حاج شیخ و حاج شیخ هم جواب می داد. » می فرمودند: « وقتی ما در مدرسه فیضیه و در حجره بودیم با اینکه منزل ما قم بود همین محله ای که الان هستیم، ولی یکبار حساب کردیم دیدیم یک سال شده است که به منزل نرفته ایم. آنقدر سرگرم تحصیل و تدریس بودیم که به فکر منزل نمی افتادیم و هر وقت پدر و مادر و اقوام می خواستند از ما دیدنی بکنند به مدرسه می آمدند. مادرم گاهی می آمد از دور مرا می دید و می رفت. آنها هم می خواستند ما سرگرم اشتغالات خود باشیم. در این حجره چند تدریس داشتیم. پدرم که از دنیا رفت حاج شیخ در همین حجره برای تسلیت به دیدن ما آمد. آن وقت خیلی جوان بودیم. مرحوم حاج شیخ محمد تقی بافقی هر روز به حجره ما رفت و آمد داشت و این حجره خاطراتی از آن مرد دارد. »

همچنین از قول آقای حیدری کاشانی نقل شده ، آقا در مورد اساتید دوران کودکی خود می فرمودند: « ما خیلی استاد داشتیم، یکی در مدرسه باقریه علیه السلام بود، یکی در مدرسه تقی خان بود، یکی هم پسر عمه ما بود، یکی آشیخ محمد و دیگری آخوند برادر آقای حائری بود، یعنی پسر برادر آشیخ محمد علی (مرحوم آیت الله حاج شیخ محمد علی حائری، متوفی 1358 هـ.ق)، که ما آنجا می رفتیم.

مرحوم شیخ (ابوالقاسم کبیر) می آمد بحث های صرفی را از ما سؤال می کرد و در آن وقت من هفت، هشت ساله بودم، قرآن را خوانده بودم و بحثهای تفسیر را به ما یاد داده بودند.
حاج شیخ خیلی از ما سؤال می کرد، ما فکر می کردیم و جواب می دادیم و مورد توجه واقع می شد.آقا در اینجا فرمود: « خیلی روی ما زحمت کشیدند، اما زحمات هدر رفت، ما آدم نالایقی بودیم. » عرض کردم : چطور هدر رفت و حال آنکه چشم حوزه علمیه به شما است و مایه دلگرمی طلاب هستید. حوزه می خواهد از حضرتعالی الگو بگیرد آنوقت شما می فرمایید هدر رفتیم. آقا فرمود: « خود ما می دانیم چیزی نیستیم، در برابر حس خودمان همه حسهای دیگران اعتباری ندارد. »

از آقا پرسیدم حضرتعالی سطح ( دورانی قبل از سطوح عالی حوزه ) را پیش کدام یک از آقایان خواندید، فرمودند: « من سطح را پیش میرزا خواندم (آیت الله آمیرزا محمد همدانی متوفای 1365 هـ.ق) و لمعه را پیش آخوند (آیت الله آخوند ملا علی همدانی). آمیرزا محمد خوب درس می داد. رسائل را هم پیش آمیرزا خواندیم. منطق را خدمت آسید احمد حجت افغانی خواندم. اخلاقیات عملی را خدمت آیت الله حاج شیخ ابوالقاسم کبیر آموختیم. در سن دوازده سالگی به درس مرحوم آیت الله حاج میرزا جواد آقا ملکی تبریزی (متوفی 1343 هـ.ق) رفتم. ایشان آیه « الذین جاهدوا فینا لنهدینهم سبلنا » را عنوان بحث قرار داده بود، ما دیدیم استفاده زیادی از درس ایشان نداریم، گفتیم درسی را که نمی فهمیم برای چه برویم، دیگر نرفتیم، برای ما سنگین بود. کلام را خدمت آیت الله آمیرزا علی اکبر حکمی یزدی (متوفای 1344 هـ.ق) تلمذ کردیم. در تفسیر یادم هست جلسه داشتیم راجع به عدم تحریف قرآن. ما به علوم جدید رو نمی آوردیم، مثل اینکه بی اعتنا به آنها بودیم.

در تدریس، ما هر کتابی را که می خواندیم، تدریس می کردیم و می خواستیم دیگران هم اینطور درس بخوانند. مثلاً حاشیه ملاعبدالله را که خواندیم، شروع به تدریس می کردیم. مغنی را می خواندیم و تدریس کردیم، حال چی بود؟ حافظه ما خوب بود؟ نمی دانم. ما همیشه مطالعه را جلوتر داشتیم، که اگر یک شب نتوانیم مطالعه کنیم، آمادگی تدریس را داشته باشیم. » نیز می فرمود: « ما درس شاه آبادی رفتیم، اما نه زیاد، چون علاقه به فلسفه نداشتیم، اهتمام ما بیشتر به فقه و اصول و تفسیر و فهم و درک ادعیه بود. اهتمام ما به کلمات ائمه زیاد بود، با کلمات دیگران ما آرام نمی شدیم و قانع نمی شدیم و کلمات و فرموده های ائمه ما را قانع می کرد. لذا آنچه ما در تفسیر و شرح ادعیه داشتیم، نظریاتی نبود که از دیگران گرفته باشیم، نظر و دید خودمان بود که متخذ از فرمایشات معصومین بود.

در فقه و اصول، تقریرات درس دیگران بود و اوائل هم بنا بر ایراد و اشکال نداشتیم بعد این فکر برای ما پیدا شد که می دیدیم گفته ها بی ایراد و اشکال نیست. نقد می کردیم و این افکار مال دیگران بود. اما در علوم دیگر نظرها همه برای خود ما بود و به جای دیگر جز کلمات ائمه نظر نداشتیم. و بعد هم متوجه شدیم اصلاً این علوم رسمی ما را اشباع نمی کند. به قول بعضی ها علم رسمی سر بسر قیل است و قال، باید دنبال علمی رفت که آرام بخش باشد. و به واقع نگری آدمی را راهنمایی کند تا حقیقت اشیاء را ببیند، « اللهم ارنی الاشیاء کما هی » که از دعاهای ائمه علیهم السلام است. » جناب آقای حیدری کاشانی؛ از شاگردان و ارادتمندان ایشان نقل می کند: از ایشان پرسیدم غیر از درس مرحوم آیت الله حائری اساتید درس خارج شما چه کسانی بودند؟ فرمود: « درس مرحوم آیت الله العظمی آقای حجت می رفتم و چند روزی هم درس مرحوم آیت الله آشیخ محمد علی حائری. ایشان اصول می گفت، تعادل و تراجیح.
نمی دانم فقه هم می گفت یا نه. درس مرحوم حجت را زیاد رفتم و از درسش خوشم می آمد، خوش بیان بود. همه بحثهای ایشان را نوشتم. درس مرحوم آیت الله العظمی آقای بروجردی هم می رفتم. درس متین بود. کسی که نود سال زحمت کشیده باز برای مباحثه مطالعه می کرد، خیلی من علاقه داشتم به مباحثه ایشان. امام مؤسس درس ایشان بود و در آوردن آقای بروجردی به قم، امام یک طرف و بقیه هم یک طرف. با مرحوم آیت الله حاج میرزا آقای فیض هم ارتباطی داشتیم و درس ایشان هم می رفتیم. » ایشان در عرفان برای خود سلسله مشایخی (اساتید) را قائل نبود و می فرمود: « استاد اخلاق و عرفان عملی ما آشیخ ابوالقاسم کبیر بود، حاج شیخ محمد تقی بافقی هم هوای ما را داشت. » او سلسه مشایخ سیر و سلوک عملی بسیاری از عالمان اهل عرفان را می ستود، اما خود را در سلک آن مشایخ ذکر نمی کرد. مثلاً ایشان تا مرحوم حاج سید علی شوشتری را تجلیل می کرد و مرد وارسته و قابل اعتمادی می دانست، اما هرگاه صحبت از قبل او می شد، می فرمود: نمی دانم، و اضافه می کرد: « مشایخ ما ائمه معصومین(ع) بوده اند، ما سیره و روش آنها را برای خود الگو و سرمشق قرار داده ایم، و هر کجا جا پای عرفان است از آن ائمه(ع) است، جای دیگر خبری نیست. »در کتاب آسمان معرفت در شرح حال سالک الی الله و عارف بالله علامه بزرگوار حاج سید محمد حسین طباطبائی، صاحب تفسیر المیزان نقل می کند که فرموده است: « استاد ما در سیر و سلوک و عرفان عملی، آیت الله حاج سید علی قاضی طباطبایی قدس سره العزیز بود و استاد آقای قاضی، مرحوم حاج سید احمد کربلایی و استاد ایشان مرحوم آخوند ملا حسینقلی همدانی و استاد ایشان، مرحوم حاج سید علی شوشتری و استاد ایشان، ملاقلی جولا و بعد از ملاقلی جولا را نمی شناسیم و نمیدانیم ملاقلی جولا چه کسی بوده است و خود حاج سید علی شوشتری هم او را نمی شناخت. »

شاگردان ایشان :

برخی شاگردان دوره سطح این فقیه والامقام ( به نقل از کتاب آیت بصیرت ) عبارتند ازآیات و حجج اسلام: « استاد شهید مطهری، احمد جنتی، علی مشگینی، احمد آذری قمی، محمد فاضل لنکرانی، حسینعلی منتظری، سید مصطفی خمینی و فرزندان آیات صدر، خوانساری، حجت، ابوالقاسم قمی و حاج شیخ عباس قمی. » و شاگردان درس خارج ایشان عبارتند از آقایان:  « حیدری کاشانی، معزی، حجتی یزدی، امجد، برادران احمدی یزدی، حسینی کاشانی، نصیری و … »

آقای حیدری کاشانی می نویسند :
با سیری در شاگردان شناخته شده، می توان موقعیت علمی ایشان را دانست. مرحوم آیت الله شهید مطهری از شاگردان دوره سطح ایشان است، فردی که در تمام زمینه ها از بهترین اساتید حوزه برخوردار گشته و به مدارج عالیه از علم و عمل رسیده بود. مرحوم آقای مطهری که تقوایش و مراقبت و مواظبتش تا آنجا است که در دوران سکونت در مدرسه فیضیه، هم حجره ای ایشان می گوید: سحرها می رفت از رودخانه پشت مدرسه فیضیه آب می آورد و مرا صدا می زند که بلند شوم وضو بگیرم نماز شب بخوانم، این گونه افراد، پیش هر کسی تلمذ نمی کنند، کسی را که در علم و عمل شاخص می نگرند خود را در اختیار افکار علمی و عملی او قرار می دهند. آیت الله بهاء الدینی، دقت نظر بعضی از شاگردان را خاطرنشان می کند که ما را وادار به مطالعه بیشتر و دقیق تر می کردند.

محل دفن ایشان :

به فرموده رهبری مکان دفن پیکر مطهر آن بزرگ مرد عرصه عرفان و تهذیب در مسجد بالا سر در حرم حضرت معصومه سلام الله علیها، کنار قبر مطهر مرحوم آیت الله العظمی اراکی، بالای سر استادش، مرحوم آیت الله عبدالکریم حائری یزدی و دیگر مراجع معین شد. معمار و دیگر مسئولین آستانه مقدسه می گفتند: اینجا بتون است، قبری نمی شود درآورد. دوستان اظهار کردند رهبری فرموده اند، اجازه دهید ما همین مکان را می کنیم اگر بتون بود، یا اگر قبری بود او را پر می کنیم . اضافه کردند آقای بهاء الدینی فردی عادی نیست. معمار آستانه می گوید: اگر فرد عادی نیست باید زمین برای او شکافته شود، به او می گویند: شما دستور دهید زمین را بکنند ببینند قبر چگونه آماده می شود. شروع به کندن کردند نه قبری بود نه بتونی،  یا پایه آجری، قبری وسیع و بکر آماده شد.
آنها که به وجب، وجب این مکان وقوف داشتند! بعضی با این عبارت که حرف حسابی به کله شما فرو نمی رود، دوستان را مورد خطاب قرار داده که اینجا قبری نمی شود کند  !  .
در زمان حیات آیت الله بهاء الدینی وقتی درباره مکان قبر، با ایشان مذاکره شده بود، فرموده بودند: « آقای حاج میرزا جواد آقای ملکی گفته قبر تو پای من. » امام موسی بن جعفر علیه السلام می فرمایند: « اذا مات المؤمن بکت علیه الملائکه و بقاع الارض التی کان یعبد الله علیها و أبواب السماء التی کان یصعد فیها بأعماله و ثلم فی الاسلام ثلمة لا یسدها شیء لان المؤمنین الفقهاء حصون الاسلام کحصن سور المدینة لها: چون مؤمن بمیرد فرشته های آسمان و قطعه های زمین که خدا را در آنها عبادت کرده و درهای آسمانها که عبادتش از آن بالا رفته بر او بگریند و در اسلام رخنه ای افتد که چیزی آنرا نبندد. زیرا مؤمنان مسئله دان و عالم، دژهای اسلامند، مانند حصارهای شهر که بر گرد آن است. »